La BSS-MFN, nata nel 2013 dalla fusione delle biblioteche della ex-Facoltà di Scienze Matematiche Fisiche e Naturali, è organizzata in due sedi. La sede di Valletta Puggia, punto di riferimento per gli studenti e i docenti delle aree disciplinari di Chimica, Fisica, Matematica e Informatica e la sede di San Martino, punto di riferimento per gli studenti e i docenti dei corsi di Biologia, Scienze Ambientali e Naturali e Geologia.